Встречаемость мутаций и потери гетерозиготности в гене ТР53 в зависимости от генотипа rs1042522 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме

В в е д е н и е .  Недавние исследования показали, что в опухолевых клетках различных типов злокачественных новообразований у носителей гетерозиготного варианта rs1042522 гена ТР53 большая часть точечных мутаций выявляется в Arg-аллеле, а потеря гетерозиготности (ПГ) приводит к утрате Pro-аллеля. Одновременно с этим описана связь Arg-аллеля данного полиморфизма со снижением эффективности терапии больных злокачественными новообразованиями. Ранее изучение rs1042522 на выборках пациентов с лимфомами проводилось только в здоровых тканях, в опухолевой ткани диффузной В-крупноклеточной лимфомы (ДВККЛ) исследования данного однонуклеотидного полиморфизма  не  выполнялись.  Учитывая склонность В-лимфоцитов к р53-опосредованному апоптозу, особый интерес представляет изучение генотипа rs1042522 в сочетании с соматическими аберрациями, такими как мутации или ПГ гена ТР53 в опухолевой ткани ДВККЛ.

Ц е л ь .   Описать частоту встречаемости соматических мутаций и ПГ в гене ТР53 в зависимости от генотипа rs1042522 в опухолевой ткани пациентов с ДВККЛ.

М а т е р и а л ы    и    м е т о д ы .   В исследование вошли 150 больных с подтвержденным (гистологически и иммуногистохимически) диагнозом ДВККЛ. Выделение нуклеиновых кислот выполняли по стандартной методике фенольно-хлороформным методом из блоков фиксированных формалином и залитых в парафин биоптатов лимфомы. Для анализа генотипа rs1042522 и определения утраты аллелей гена ТР53 применяли метод полимеразной цепной реакции с последующей обработкой эндонуклеазой рестрикции электрофорезом в полиакриламидном геле. Подтверждение случаев ПГ и идентификация точечных мутаций в анализируемом гене выполняли методом прямого автоматического капиллярного секвенирования.

Р е з у л ь т а т ы .  В группе исследования в 1/3 образцов уже на момент диагностики лимфомы имели место аберрации (ПГ и мутации) последовательности ТР53. Сочетания ПГ и мутантного статуса данного гена у больных с гетерозиготным Arg/Pro генотипом тестируемого полиморфизма в опухолевой ткани выявлено не было. Вместе с тем точечные мутации имели 20 из 73 (20/73) биоптатов лимфомы с генотипом Arg/Arg. В образцах опухоли с генотипами Pro/Pro или Arg/Pro точечные замены в ТР53 имели единичные образцы – 1/13 и 4/64 соответственно (p < 0.001). Таким образом, было показано, что в образцах ДВККЛ с гомозиготным Arg/Arg генотипом отношение шансов сочетания ПГ с мутациями ТР53 в 5.4 раза (p < 0.001) превышало значение для образцов с Pro/Pro или Arg/Pro генотипами (отношение шансов –  5.4, 95% доверительный интервал – 1.9; 15.4).

З а к л ю ч е н и е .   С целью увеличения вероятности идентификации случаев сочетанного выявления ПГ и точечных аберраций в ТР53 в образцах с различными генотипами rs1042522 возможно расширение выборки анализируемых образцов лимфомы, а также применение более чувствительных методик идентификации нарушений в структуре изучаемого гена. Возможным направлением дальнейших исследований также может быть анализ клинической значимости сочетанного выявления гомозиготного Arg/Arg генотипа G/G анализируемого маркера и ПГ или/и соматических мутаций в гене ТР53 в опухолевой ткани пациентов с лимфомой.

1. Kwai H.Y., Hyewon L., Cheolwon S. Lymphoma epidemiology in Korea and the real clinical field including the Consortium for Improving Survival of Lymphoma (CISL) trial // Int. J. Hematol. 2018;107:395–404. DOI: 10.1007/s12185-018-2403-9.

2. Li M., Liu Y., Wang Y. et al. Anaplastic variant of diffuse large B-cell lymphoma displays intricate genetic alterations and distinct biological features // Am. J. Surg. Pathol. 2017;10:1322–1332. DOI: 10.1097/PAS.0000000000000836.

3. Younes A., Thieblemont C., Morschhauser F. et al. Combinationofibrutinibwithrituximab,cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine, and prednisone (R-CHOP) for treatment-naive patients with CD20-positive B-cell non-Hodgkin lymphoma: a non-randomised, phase 1b study // Lancet Oncol. 2014;15(9):1019–1026. DOI: 10.1016/S1470-2045(14)70311-0.

4. Zlamalikova L., Moulis M., Ravcukova B. et al. Complex analysis of the TP53 tumor suppressor in mantle cell and diffuse large B-cell lymphomas // Oncol. Rep. 2017;38(4):2535–2542. DOI: 10.3892/or.2017.5891.

5. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Воевода М.И. и др. Клинические аспекты нарушений в гене ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме // Вестник гематологии. 2019;15(3):12–13.

6. Zenz T., Kreuz M., Fuge M. et al. TP53 mutation and survival in aggressive B-cell lymphoma // Int. J. Cancer. 2017;141(7):1381–1388. DOI: 10.1002/ijc.30838.

7. Baugh E.H., Ke H., Levine A.J., Bonneau R.A., Chan C.S. Why are there hotspot mutations in the TP53 gene in human cancers? // Cell Death Differ. 2018;25:154–160. DOI: 10.1038/cdd.2017.180.

8. Azzam G.A., Frank A.K., Hollstein M., Murphy M.E. Tissue-specific apoptotic effects of the p53 codon 72 polymorphism in a mouse model // Cell Cycle. 2011;10(9):1352–1355. DOI: 10.4161/cc.10.9.15344.

9. Marin M.C., Jost C.A., Brooks L.A. et al. A common polymorphism acts as an intragenic modifier of mutant p53 behaviour // Nat. Genet. 2000;25:47–54. DOI: 10.1038/75586.

10. Поспелова Т.И., Воевода М.И., Воропаева Е.Н. и др. Значение конституциональных полиморфизмов гена Р53 у больных неходжкинскими злокачественными лимфомами // Бюл. сибирской медицины. 2008;7(S3):56–63.

11. Dumont P., Leu J., Della Pietra A., George D.L., Murphy M. The codon 72 polymorphic variants of p53 have markedly different apoptotic potential // Nat. Genet. 2003;33(3):357–365. DOI: 10.1038/ng1093.

12. Schneider-Stock R., Mawrin C., Motsch C. et al. Retention of the arginine allele in codon 72 of the p53 gene correlates with poor apoptosis in head and neck cancer // Am. J. Pathol. 2004;164(4):1233–1241. DOI: 10.1016/S0002-9440(10)63211-7.

13. Siddique M.M., Balram C., Fiszer-Maliszewska L. et al. Evidence for selective expression of the p53 codon 72 polymorphs: implications in cancer development // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2005;14(9):2245–2252. DOI: 10.1158/1055-9965.EPI-05-0153.

14. Schneider-Stock R., Boltze C., Peters B. et al. Selective loss of codon 72 proline p53 and frequent mutational inactivation of the retained arginine allele in colorectal cancer // Neoplasia. 2004;6(5):529–535. DOI: 10.1593/neo.04178.

15. Furihata M., Takeuchi T., Matsumoto M. et al. p53 mutation arising in Arg72 allele in the tumorigenesis and development of carcinoma of the urinary tract // Clin. Cancer Res. 2002;8(5):1192–1195.

16. Tominaga T., Iwahashi M., Takifuji K. et al. Combination of p53 codon 72 polymorphism and inactive p53 mutation predicts chemosensitivity to 5-fluorouracil in colorectal cancer // Int. J. Cancer. 2010;126(7):1691–1701. DOI: 10.1002/ijc.24929.

17. Zawlik I., Kita D., Vaccarella S. et al. Common polymorphisms in the MDM2 and TP53 genes and the relationship between TP53 mutations and patient outcomes in glioblastomas // Brain Pathol. 2009;19(2):188–194. DOI: 10.1111/j.1750-3639.2008.00170.x.

18. Bergamaschi D., Gasco M., Hiller L. et al. p53 polymorphism influences response in cancer chemotherapy via modulation of p73-dependent apoptosis // Сancer Cell. 2003;3(4):387–402. DOI: 10.1016/s1535-6108(03)00079-5.

19. Bonafé M., Ceccarelli C., Farabegoli F. et al. Retention of the p53 codon 72 arginine allele is associated with a reduction of disease-free and overall survival in arginine/proline heterozygous breast cancer patients // Clin. Cancer Res. 2003;9(13):4860–4864.

20. El Hallani S., Ducray F., Idbaih A. et al. TP53 codon 72 polymorphism is associated with age at onset of glioblastoma // Neurology. 2009;72(4):332–336. DOI: 10.1212/01.wnl.0000341277.74885.ec.

21. Zha Y., Gan P., Liu Q., Yao Q. TP53 codon 72 polymorphism predicts efficacy of paclitaxel plus capecitabine chemotherapy in advanced gastric cancer patients // Arch. Med. Res. 2016;47(1):13–18. DOI: 10.1016/j.arcmed.2015.12.001.

22. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Воевода М.И. Ассоциация полиморфизма Arg399Gln гена репарации ДНК XRCC1 с риском развития неходжкинских лимфом высокой степени злокачественности // Гематология и трансфузиология. 2013;58(1):10–14.

23. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Воевода М.И., Максимов В.Н. Частоты, спектр и функциональная значимость мутаций в гене TP53 у больных диффузной B-крупноклеточной лимфомой // Молекулярная биология. 2017;51(1):64–72.

24. Adzhubei I., Schmidt S., Peshkin L. et al. A method and server for predicting damaging missense mutations // Nat. Methods. 2010;7(4):248–249. DOI: 10.1038/nmeth0410-248.

25. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Воевода М.И., Максимов В.Н. Результаты комплексного анализа статуса гена ТР53 у больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой // Гематология и трансфузиология. 2016;61(3):138–143. DOI: 10.18821/0234-5730-2016-61-3-138-143.

26. Воропаева Е.Н., Воевода М.И., Поспелова Т.И., Максимов В.Н. Интронные полиморфизмы антионкоогена TP53 у пациентов старшей возрастной группы с индолентными вариантами неходжкинских злокачественных лимфом // Успехи геронтологии. 2013;26(2):258–262.

27. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Воевода М.И. Ген ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме. Новосибирск: Наука, 2018. 164 с.

28. IARC TP53 Database. URL: http://p53.iarc.fr/ProtocolsAndTools.aspx (дата обращения: 19.01.2022).

29. Воропаева Е.Н., Воевода М.И., Поспелова Т.И., Максимов В.Н. Неравновесие по сцеплению полиморфных маркеров rs1042522, rs1625895 и rs17878362 и гаплотипы гена ТР53 у больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой // Молекулярная биология. 2014;48(5):763–770. DOI: 10.7868/S0026898414050176.

30. Shi H., Tan S., Zhong H. et al. Winter temperature and UV are tightly linked to genetic changes in the p53 tumor suppressor pathway in Eastern Asia // Am. J. Hum. Genet. 2009;84(4):534–541. DOI: 10.1016/j.ajhg.2009.03.009.

31. Волков А.Н., Падюкова А.Д., Зинчук П.В., Кутихин А.Г. Полиморфизм гена опухолевого супрессора tp53 среди здоровых доноров и больных раком прямой кишки // Эксперимент. и клин. гастроэнтерология. 2019;2(162):45–49. DOI: 10.31146/1682-8658-ecg-162-2-45-49.

32. Денисов Е.В. Мутационная изменчивость гена TP53 при раке молочной железы: автореф. дис. … канд. биол. наук. Омск, 2010. 22 с.

33. Chen M., Yang Y., Liu Y., Chen C. The role of chromosome deletions in human cancers // Adv. Exp. Med. Biol. 2018;1044:135–148. DOI: 10.1007/978-981-13-0593-1_9.

34. Kyndi M., Alsner J., Hansen L., Sørensen F.B., Overgaard J. LOH rather than genotypes of TP53 codon 72 is associated with disease-free survival in primary breast cancer // Acta Oncologica. 2006;45(5):602–609. DOI: 10.1080/02841860600660811.

35. Stefancikova L., Moulis M., Fabian P. et al. Loss of the p53 tumor suppressor activity is associated with negative prognosis of mantle cell lymphoma // Int. J. Oncol. 2010;36(3):699–706. DOI: 10.3892/ijo_00000545.

36. Tamimi Y., Al-Harthy S., Al-Haddabi I. et al. The p53 mutation/deletion profile in a small cohort of the Omani population with diffuse large B-cell lymphoma // Sultan Qaboos Univ. Med. J. 2014;14(1):e50–e58. DOI: 10.12816/0003336.

37. Нугис В.Ю. FISH-метод: способ цитогенетической ретроспективной оценки дозы (обзор) // Саратовский науч.-мед. журн. 2016;12(2):35.

38. Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Voevoda M.I. et al. Clinical aspects of TP53 gene inactivation in diffuse large B-cell lymphoma // BMC Med. Genomics. 2019;13:35–44. DOI: 10.1186/s12920-019-0484-9.

39. Walsh T., Lee M.K., Casadei S. et al. Detection of inherited mutations for breast and ovarian cancer using genomic capture and massively parallel sequencing // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2010;107(28):12629–12633. DOI: 10.1073/pnas.1007983107.

40. Gyulkhandanyan A., Rezaie A.R., Roumenina L. et al. Analysis of protein missense alterations by combining sequence- and structure-based methods // Mol. Genet. Genomic Med. 2020;8(4):e1166–e1171. DOI: 10.1002/mgg3.1166.

41. Sauna Z.E., Kimchi-Sarfaty C. Understanding the contribution of synonymous mutations to human disease // Nat. Rev. Genet. 2011;12(10):683–691. DOI: 10.1038/nrg3051.

42. Le Calvez F., Mukeria A., Hunt J.D. et al. TP53 and KRAS mutation load and types in lung cancers in relation to tobacco smoke: distinct patterns in never, former, and current smokers // Cancer Res. 2005;65(12):5076–5083. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-05-0551.

43. Li S., Young K.H., Medeiros L.J. Diffuse large B-cell lymphoma // Pathology. 2018;50(1):74–87. DOI: 10.1016/j.pathol.2017.09.006.

44. Weige C.C., Birtwistle M.R., Mallick H. et al. Transcriptomes and shRNA suppressors in a TP53 allele-specific model of early-onset colon cancer in African Americans // Mol. Cancer Res. 2014;12(7):1029–1041. DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-13-0286-T.

45. Jeong B.S., Hu W., Belyi V., Rabadan R., Levine A.J. Differential levels of transcription of p53-regulated genes by the arginine/proline polymorphism: p53 with arginine at codon 72 favors apoptosis // FASEB J. 2010;24(5):1347–1353. DOI: 10.1096/fj.09-146001.