Оценка метилирования генов MIR-143 и MIR-145 в лимфоузлах больных диффузной В-крупноклеточной лимфомой

В в е д е н и е . Экспрессия онкосупрессорных микроРНК miR-143 и miR-145 наблюдается во всех типах изученных нормальных тканей и, по данным многочисленных исследований, утрачивается при злокачественных ново- образованиях. Описано снижение экспрессии данных микроРНК при диффузной В-крупноклеточной лимфоме (ДВККЛ), механизмы которого требуют дополнительного изучения.

Ц е л ь  и с с л е д о в а н и я . Оценить метилирование генов MIR-143 и MIR-145 в ткани лимфоузлов больных ДВККЛ и лимфоузлов пациентов с реактивной фолликулярной гиперплазией.

М а т е р и а л ы  и  м е т о д ы . В исследование включили биоптаты 14 фиксированных формалином и парафинизированных опухолевых лимфоузлов пациентов с ДВККЛ и 11 лимфоузлов больных с реактивной лимфоаденопатией. Определение статуса метилирования гена MIR-145 в образцах проводили методом метил- специфичной полимеразной цепной реакции. Для количественной оценки метилирования гена MIR-143 использовалось прямое бисульфитное секвенирование по Сенгеру.

Р е з у л ь т а т ы . Было установлено, что все исследованные образцы, как реактивные, так и опухолевые, имели метилирование гена MIR-145. Во всех образцах реактивной ткани лимфоузлов был зарегистрирован монотонный уровень метилирования CpG-динуклеотидов гена MIR-143, тогда как опухолевые образцы демонстрировали большую гетерогенность. В образцах ДВККЛ, а именно подтипа из клеток постгерминального происхождения, средний уровень метилирования изученного фрагмента последовательности гена MIR-143 был значимо ниже, чем в образцах реактивных лимфоузлов (р = 0.026).

З а к л ю ч е н и е . Выявляемое в лимфоузлах больных ДВККЛ метилирование генов MIR-143 и MIR-145 не является опухоль-специфичным. Сложный клеточный состав анализируемых образцов, а также различная плотность микрососудов могут объяснять различия в уровне метилирования MIR-143 в ткани реактивных и опухолевых лимфоузлов.

1. Kent O.A., McCall M.N., Cornish T.C., Halushka M.K. Lessons from miR-143/145: the importance of celltype localization of miRNAs // Nucleic Acids Res. 2014;42(12):7528–7538. DOI: 10.1093/nar/gku461.

2. Pidíkova P., Reis R., Herichova I. miRNA clusters with down-regulated expression in human colorectal cancer and their regulation // Int. J. Mol. Sci. 2020;21(13):4633. DOI: 10.3390/ijms21134633.

3. Lonsdale J., Thomas J., Salvatore M. et al. The Genotype- Tissue Expression (GTEx) project // Nat. Genet. 2013;45(6):580-585. DOI: 10.1038/ng.2653. 4. Fischer L., Hummel M., Korfel A. et al. Diff erential micro-RNA expression in primary CNS and nodal diff use large B-cell lymphomas // Neuro-Oncology. 2011;13(10):1090-1098. DOI: 10.1093/neuonc/nor107.

4. Zhang Y., Wang Z., Chen M. et al. MicroRNA-143 targets MACC1 to inhibit cell invasion and migration in colorectal cancer // Mol. Cancer. 2012;11:23. DOI: 10.1186/1476-4598-11-23.

5. Takagi T., Iio A., Nakagawa Y. et al. Decreased expression of microRNA-143 and -145 in human gastric cancers // Oncology. 2009;77(1):12-21. DOI: 10.1159/000218166.

6. Akao Y., Nakagawa Y., Kitade Y. et al. Downregulation of microRNAs-143 and -145 in B-cell malignancies // Cancer Sci. 2007;98(12):1914-1920. DOI: 10.1111/j.1349-7006.2007.00618.x.

7. Roehle A., Hoefi g K.P., Repsilber D. et al. MicroRNA signatures characterize diff use large B-cell lymphomas and follicular lymphomas // Br. J. Haematol. 2008;142(5):732-744. DOI: 10.1111/j.1365-2141.2008.07237.x.

8. Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Orlov Y.L. et al. The methylation of the p53 targets the genes MIR-203, MIR-129-2, MIR-34A and MIR-34B/C in the tumor tissue of diff use large B-cell lymphoma // Genes. 2022;13:1401. DOI: 10.3390/genes13081401.

9. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Чуркина М.И. и др. Комплексный анализ метилирования генов р53-респонзивных микроРНК и мутаций гена ТР53 при диффузной В-крупноклеточной лимфоме // Медицинская генетика. 2022;21(11):62-66. DOI: 10.25557/2073-7998.2022.11.62-66.

10. GeneCaRNA. The Human ncRNA Database. MIR143 Gene – MicroRNA 143. URL: https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=MIR143 (дата обращения: 22.04.2023).

11. GeneCaRNA. The Human ncRNA Database. MIR145 Gene – MicroRNA 145. URL: https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=MIR145&keywords= mir-145 (дата обращения: 22.04.2023).

12. Suh S.O., Chen Y., Zaman M.S. et al. MicroRNA-145 is regulated by DNA methylation and p53 gene mutation in prostate cancer // Carcinogenesis. 2011;32(5):772- 778. DOI: 10.1093/carcin/bgr036.

13. Jiang M., Zhang Y., Fei J. et al. Rapid quantifi cation of DNA methylation by measuring relative peak heights in direct bisulfi te-PCR sequencing traces // Lab. Invest. 2010;90(2):282-290. DOI: 10.1038/labinvest. 2009.132.

14. Dou L., Zheng D., Li J. et al. Methylation-mediated repression of microRNA-143 enhances MLL-AF4 oncogene expression // Oncogene. 2012;31(4):507- 517. DOI: 10.1038/onc.2011.248.

15. Drosou V., Kapazoglou A., Letsiou S. et al. Drought induces variation in the DNA methylation status of the barley HvDME promoter // J. Plant Res. 2021;134(6):1351-1362. DOI: 10.1007/s10265-021- 01342-z.

16. Grunau C., Clark S.J., Rosenthal A. Bisulfi te genomic sequencing: systematic investigation of critical experimental parameters // Nucleic Acids Res. 2001;29(13):E65. DOI: 10.1093/nar/29.13.e65.

17. Воропаева Е.Н., Поспелова Т.И., Березина О.В. и др. Метилирование генов р53-респонзивных онкосупрессорных микроРНК при гемобластозах // Сибирский онкологический журнал. 2022;21(2):130-142. DOI: 10.21294/1814-4861-2022- 21-2-130-142.

18. Волкова Н.С., Ермаков А.С. ДНК-метилирование и регуляция экспрессии генов // XXI Царскосельские чтения: материалы междунар. науч. конф. (Санкт- Петербург, 25–26 апреля 2017 г.). СПб., 2017. Т. 3. С. 285–288.

19. Lawrie C.H., Chi J., Taylor S. et al. Expression of microRNAs in diff use large B cell lymphoma is associated with immunophenotype, survival and transformation from follicular lymphoma // J. Cell. Mol. Med. 2009;13(7):1248-1260. DOI: 10.1111/j.1582-4934.2008.00628.x.

20. Marinaccio C., Ingravallo G., Gaudio F. et al. Microvascular density, CD68 and tryptase expression in human diff use large B-cell lymphoma // Leuk. Res. 2014;38(11):1374-1377. DOI: 10.1016/j.leukres. 2014.09.007.

21. Marinaccio C., Ingravallo G., Gaudio F. et al. T cells, mast cells and microvascular density in diff use large B cell lymphoma // Clin. Exp. Med. 2016;16(3):301-306. DOI: 10.1007/s10238-015-0354-5.

22. Abdou A.G., Asaad N., Kandil M. et al. Signifi cance of stromal-1 and stromal-2 signatures and biologic prognostic model in diff use large B-cell lymphoma // Cancer Biol. Med. 2017;14(2):151-161. DOI: 10.20892/j. issn.2095-3941.2017.0007.

23. Guidolin D., Tamma R., Annese T. et al. Diff erent spatial distribution of infl ammatory cells in the tumor microenvironment of ABC and GBC subgroups of diff use large B cell lymphoma // Clin. Exp. Med. 2021;21(4):573-578. DOI: 10.1007/s10238-021-00716-w.